Clostridium difficile es un tipo de bacteria anaeróbica obligada del género Clostridium. Es muy sensible al oxígeno y es difícil de aislar y cultivar. Generalmente es parásito en el tracto intestinal humano. Clostridium difficile causa principalmente enteritis pseudomembranosa, diarrea asociada a antibióticos, pielonefritis, meningitis, infecciones abdominales y vaginales, bacteriemia y gangrena gaseosa.